MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 plasmid pCV56A

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017483	AAT	2	6	60	65	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017483	GTC	2	6	165	170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017483	GTTT	2	8	256	263	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017483	TCAAT	2	10	461	470	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017483	A	7	7	510	516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017483	A	7	7	518	524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017483	AT	4	8	548	555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017483	A	8	8	580	587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017483	A	6	6	626	631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017483	A	6	6	648	653	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017483	A	6	6	670	675	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017483	ATA	2	6	724	729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017483	TCT	2	6	758	763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017483	TA	3	6	2779	2784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017483	T	7	7	2797	2803	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017483	GGA	2	6	2813	2818	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017483	TA	3	6	7903	7908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017483	TA	3	6	7948	7953	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017483	GTT	2	6	8013	8018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017483	T	7	7	8017	8023	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017483	ATG	2	6	8029	8034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017483	CAG	2	6	8283	8288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017483	ACTA	2	8	8307	8314	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017483	TTG	2	6	8323	8328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017483	GAT	2	6	8400	8405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017483	TCT	2	6	8464	8469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017483	TGG	2	6	8528	8533	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017483	GAA	2	6	8547	8552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017483	T	6	6	8563	8568	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017483	AACT	2	8	8639	8646	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017483	TAA	4	12	9256	9267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017483	TGA	2	6	9278	9283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017483	TAA	2	6	9315	9320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017483	GTTG	2	8	9333	9340	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017483	T	6	6	9383	9388	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017483	A	6	6	9407	9412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017483	A	7	7	9415	9421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017483	A	6	6	9430	9435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017483	TC	3	6	9445	9450	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017483	A	6	6	9451	9456	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017483	CT	3	6	9479	9484	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017483	T	6	6	9515	9520	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017483	CAT	2	6	9616	9621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017483	T	7	7	9634	9640	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017483	TATTT	2	10	10856	10865	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017483	A	7	7	10919	10925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017483	CAA	2	6	10931	10936	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017483	TCATT	2	10	10967	10976	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017483	AT	3	6	11014	11019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017483	ATT	2	6	11038	11043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017483	ATA	2	6	11050	11055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017483	T	6	6	11088	11093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017483	TCC	2	6	11117	11122	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_017483	T	6	6	11185	11190	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017483	TAT	2	6	11203	11208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017483	CTA	2	6	12535	12540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017483	GGA	2	6	12565	12570	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017483	ATAA	2	8	12571	12578	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017483	T	6	6	15141	15146	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017483	AC	3	6	15181	15186	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017483	ATA	2	6	15255	15260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017483	TGA	2	6	15280	15285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017483	GAA	2	6	15975	15980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017483	GAA	2	6	16021	16026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017483	A	6	6	16049	16054	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017483	A	7	7	16191	16197	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017483	TTTG	2	8	16223	16230	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017483	AAT	2	6	16242	16247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017483	TCT	2	6	16268	16273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017483	CTT	2	6	16330	16335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017483	TTA	2	6	16339	16344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017483	ATT	2	6	16347	16352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017483	AATAA	2	10	17014	17023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017483	AT	4	8	17058	17065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017483	AG	3	6	17091	17096	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017483	A	7	7	17109	17115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017483	TAG	2	6	17141	17146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017483	ATA	3	9	17154	17162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017483	T	8	8	17208	17215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017483	ATT	2	6	17254	17259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017483	AT	4	8	17273	17280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017483	AG	3	6	17306	17311	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017483	A	7	7	17324	17330	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017483	TAG	2	6	17356	17361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017483	ATA	3	9	17369	17377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017483	A	6	6	18146	18151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017483	T	7	7	18169	18175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017483	ATTT	2	8	18184	18191	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017483	CTT	2	6	18194	18199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017483	T	6	6	18198	18203	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017483	ATAA	2	8	18234	18241	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017483	ATTA	2	8	18264	18271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017483	AGA	2	6	18276	18281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017483	CTT	2	6	18282	18287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017483	AGA	2	6	18401	18406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017483	AT	3	6	18407	18412	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017483	TAA	2	6	18435	18440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017483	GTT	2	6	18465	18470	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017483	CAA	2	6	18520	18525	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017483	GTTAA	2	10	18550	18559	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017483	A	6	6	18570	18575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017483	GCC	2	6	18590	18595	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017483	AGT	2	6	21508	21513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017483	TA	4	8	21613	21620	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017483	TAT	2	6	21629	21634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017483	ATC	2	6	21680	21685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017483	ATT	2	6	21706	21711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017483	TA	3	6	21714	21719	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017483	CCA	2	6	21748	21753	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_017483	A	6	6	21767	21772	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017483	A	6	6	21803	21808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017483	CCA	2	6	21820	21825	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_017483	TC	3	6	22379	22384	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017483	GA	3	6	22393	22398	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017483	TTTA	2	8	22401	22408	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017483	TTAT	2	8	22438	22445	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017483	AT	3	6	22472	22477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017483	ATAA	2	8	22482	22489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017483	AGA	3	9	23207	23215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017483	T	6	6	24157	24162	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017483	TA	5	10	24207	24216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017483	TA	3	6	24225	24230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017483	TAA	2	6	24232	24237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017483	GAC	2	6	24346	24351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017483	TGT	2	6	24397	24402	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017483	ATA	2	6	24489	24494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017483	TA	3	6	24497	24502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017483	G	6	6	24902	24907	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017483	GAA	2	6	24911	24916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017483	T	6	6	26982	26987	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017483	TA	3	6	26990	26995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017483	AAAC	2	8	27002	27009	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017483	T	6	6	27054	27059	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017483	TTC	2	6	27063	27068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017483	TTA	2	6	27093	27098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017483	ACA	2	6	28476	28481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017483	AGG	2	6	28501	28506	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017483	AAT	4	12	31505	31516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017483	ACC	2	6	31567	31572	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_017483	TTA	2	6	31675	31680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017483	AAG	2	6	31718	31723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017483	AGA	2	6	31803	31808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017483	TTC	2	6	31882	31887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017483	TAA	2	6	31991	31996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017483	A	6	6	32071	32076	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017483	AGT	2	6	32116	32121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017483	TGA	2	6	32166	32171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017483	GGA	2	6	32235	32240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017483	AT	3	6	32525	32530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017483	AGG	2	6	32996	33001	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017483	AGT	2	6	34167	34172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017483	AC	3	6	34183	34188	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_017483	CT	3	6	34199	34204	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_017483	AAG	2	6	40721	40726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017483	CT	3	6	40765	40770	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
156	NC_017483	TAG	2	6	40860	40865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017483	ACAAAA	2	12	40881	40892	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_017483	GAAC	2	8	40929	40936	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_017483	A	7	7	40950	40956	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017483	A	7	7	41037	41043	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017483	ATTT	2	8	41162	41169	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017483	GTG	2	6	41276	41281	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017483	ACTC	2	8	41314	41321	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
164	NC_017483	AC	3	6	41328	41333	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
165	NC_017483	AAT	2	6	41413	41418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017483	GAA	2	6	41488	41493	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017483	A	6	6	41519	41524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017483	A	6	6	41543	41548	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017483	A	6	6	41571	41576	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017483	A	6	6	41587	41592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017483	AAG	2	6	41615	41620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017483	A	7	7	41622	41628	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017483	A	6	6	41646	41651	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017483	GAA	2	6	41656	41661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017483	A	7	7	41666	41672	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017483	A	6	6	41680	41685	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017483	AAAGGA	2	12	41719	41730	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017483	GAT	2	6	42117	42122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017483	TG	3	6	42137	42142	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017483	AC	3	6	42144	42149	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
181	NC_017483	CAC	2	6	42160	42165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.